设施农业科学与工程专业于2004年开始招生，2010年获批设施栽培与环境硕士学位授权点。专业立足云南发展设施农业环境和资源优势，积极开展设施作物栽培、温室结构设计、环境监测等方面合作研究，推动云南省高原特色现代农业的升级。现有专任教师10人，其中教授3人，副教授3人，硕士生导师1人，云南现代蔬菜产业技术体系岗位专家1人。

本专业主要培养掌握农业设施的设计与建造、设施环境调控、设施生产管理的基本理论、基础知识与实践技能，能从事与设施工程设计与建造、设施农业生产经营与管理、教学和科研、设施农业相关的技术推广与开发等工作的高级复合型技术人才。

本专业融合了生物、工程、环境、信息技术等多学科内容，在专任教师授课的基础上整合了包括资源与环境、机电工程、水利等学院在内的多学科团队力量。同时广泛开展校企合作，开拓走出去和引进来的合作模式，多方拓展校外实训基地，聘请资深工程技术人员进行实习实践课程教学，为本专业多学科融合提供了保证。